ویروس لکه حلقوی نکروتیک هسته داران (Prunus necrotic ring spot virus)، تهدید مهم و قابل توجهی برای درختان هسته دار در دنیا است. در این مطالعه، نمونه های مشکوک به آلودگی PNRSV از مناطق مهم و اصلی کاشت درختان هسته دار در ایران، جمع آوری شدند. ژن پروتئین پوششی (CP) جدایه ها در آزمون پی سی آر تکثیر شد و قطعات تکثیر یافته، تعیین توالی شدند. تجزیة تحلیل تبارزایی نشان داد که این جدایه ها، به گروه PV-96-II تعلّق دارند که یک گروه مهم از PNRSVها در سراسر جهان هستند. یک جدایه از این گروه، برای بیان ژن پروتئین پوششی در E. coli انتخاب شد. ژن CP این جدایه، به وکتور pET28 برای بیان هم سانه سازی شد و پروتئین پوششی بیان شده با روش Native با استفاده از ستون Ni-NTA خالص سازی شد. پروتئین خالص شده، به عنوان یک آنتی ژن برای تولید آنتی سرم، علیه پروتئین پوششی PNRSV در خرگوش ها استفاده شد. IgG تولید شده علیه PNRSV-CP تخلیص شده و IgG کانژوگه شده، حساسیت و اختصاصیت لازم را نشان دادند و با موفقیت CP بیان شده و جدایه های PNRSV را در درختان میوه های هسته دار آلوده، از طریق تکنیک های مختلف سرومولکولی و سروولوژیکی؛ ازجمله آزمون PTA-ELISA، DAS-ELISA و وسترن بلات ردیابی شدند. این آنتی بادی ها می توانند در مطالعات ردیابی ویروس در گیاه و همچنین آزمایش های سروولوژیکی و سرومولکولی قابل استفاده باشند. این مطالعه، نخستین مطالعه ای است که در مورد تهیة آنتی بادی چندهمسانه ای، در برابر CP جدایة PNRSV ایرانی صورت گرفته است و در کنترل و پیش گیری از این ویروس مهم اقتصادی، در آینده کمک خواهند نمود.

سابقه و هدف: لیستریا مونوسیتوژنز می تواند عامل مننژیت و سپسیس در انسان باشد. این میکروارگانیسم از راه مواد غذایی منتقل می شود. شناسایی سریع و دقیق آن در پیشگیری از موارد عفونت نقش بسزایی دارد.مواد و روشها: برای شناسایی لیستریا مونوسیتوژنز در شیر پس از غنی سازی در محیط کشت از روش PCR استفاده شد. شیوه کار بدین صورت بود که ابتدا نمونه ها در بروث مغذی کشت داده شد و DNA آنها استخراج شد و با استفاده از روش PCR مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته ها: در تعیین حساسیت ایین روش معلوم شد که شناسایی 37CFU/M از باکتری در شیر امکان پذیر می باشد. DNA چندین باکتری دیگر به جز لیستریامونوسیتوژنز نیز با پرایمرهای مورد استفاده مورد آزمون قرار گرفتند که در همه موارد نتیجه منفی بود.نتیجه گیری: این روش می تواند به عنوان روشی با حساسیت و اختصاصیت بالا و صرف وقت کمتر به صورت کاربردی برای شناسایی لیستریا مونوسیتوژنز در شیر استفاده شود.

بیماری انگومک پسته یکی از مهمترین بیماری های درختان پسته در ایران است. تا کنون گونه های متعدد Phytophthora از ریشه، طوقه و خاک اطراف ریشه درختان آلوده جدا و بیماریزایی آنها ثبات شده است. عوامل اصلی گموز پسته در کرمان دو گونه بدون پاپیل از این جنس هستند که بر اساس خصوصیات مورفولوژیک و فیزیولوژیک به گونه های P. rechshleri و P.  megasperma منتسب گردیده اند. به لحاظ خسارت بالای بیماری و به منظور جلوگیری از انتشار آن روش های حساسی جهت تعیین عدم آلودگی گیاهان و آب آبیاری باغهای پسته ضروری به نظر می رسد. در این بررسی برای تشخیص اختصاصی دو گونه اصلی عامل انگومک پسته از روش PCR بر اساس توالی نوکلئوتیدی نواحی ITS1 و ITS2  (Internally transcribed spacer regions)کرار ژن آر. ان. ای ریبوزومی ژنوم آنها استفاده شد. توالی دی. ان . ای نواحی ITSجدایه های P. megasperma از پسته جهت طراحی جفت آغازگر Pis 1 rev و pis 1 fwd مورد استفاده قرار گرفت. این آغازگرها قطعه ای اختصاصی از نواحی ITS دی . ان . ای ریبوزومی هر 24 جدایه منتسب به P. megasperma را تکثیر نمودند. در آزمایش های بعدی با استفاده از آغازگرهای بالا و دی. ان . ای جدایه های P. sojae ، p. melonis، P. sinensis، P. cajani و جدایه P. drechsleri از پسته قطعه ای با همین اندازه تولید شد. هیچیک از دیگر گونه های خارج از این گروه با این دو آغازگر تکثیر نیافتند. حساسیت این آغازگر تا حد تشخیص 4 نانوگرم دی . ان . ای قالب و هم چنین تشخیص هر دو گونه فیتوفتورا عامل گموز پسته در ریشه نهال های پسته آلوده در گلخانه بود. روش nested PCR با آغازگرهای DC6 و ITS4 و در پی آن PCR با دو آغازگر pis 1 rev و pis 1 fwd با گیاهان آلوده دارای علائم و بدون علائم قادر به ردیابی و تشخیص آلودگی بود. هضم آنزیمی قطعه حاصل از PCR در جدایه های پسته با اندونوکلئاز BslI آنرا به دو قطعه 370 و 310 جفت بازی برش داد. این محل برش مختص جدایه های P. megasperma از پسته بوده و در جدایه های P. sojae، P. melonis، P. senensis و p. cajani  وجود نداشت. محل برش اندونوکلئاز فوق دو عامل اصلی گموز را از سایر گونه های نزدیک یاد شده تفکیک نمود.

زمینه و هدف: پیشرفت تکنولوژی موجب اهمیت بخشیدن به روش های نوین تشخیصی و پژوهشی در آزمایشگاه ها شده است و استفاده از روش های جدید تشخیصی در کنار روش های معمول آزمایشگاهی می تواند دقت تشخیص را افزایش دهد که از جنبه های بالینی و روند پی گیری بیماری های ژنتیکی حایز اهمیت است، لذا هدف از این مطالعه بررسی عوامل موثر در تکثیر ژن با واکنش زنجیره ای پلی مراز در جهت ارتقای دقت تشخیص می باشد.مواد و روش ها: این مطالعه از نوع توصیفی تحلیلی است که بر روی 61 نمونه آدنوکارسینومای کولون در بخش سلولی و مولکولی دانشگاه علوم پزشکی سبزوار و اصفهان انجام گرفت. DNA نمونه ها با کیت استاندارد استخراج شد؛ سپس تکثیر قطعه از ژن AURKA و P53 با استفاده از دو زوج پرایمر مخصوص برای هر ژن با غلظت های متفاوت منیزیوم برای واکنش زنجیره ای پولی مراز انجام شد. محصول PCR در ژل آگاروزالکتروفورز گردید.یافته ها: الکتروفورز محصول واکنش زنجیره ای پولی مراز در غلظت 3 و 5 میلی مولار منیزیوم بهتر از 1.5 میلی مولار بود. پرایمر با غلظت یک میکرومولار بهتر از 5 و 10 میکرومولار بود. از دو زوج پرایمر استفاده شده برای تکثیر اگزون 4 ژن AURKA با واکنش زنجیره ای پلی مراز یک زوج آن در نمونه مورد مطالعه بهتر از دیگری بود و از دو زوج پرایمری که برای تکثیر اگزون 5 ژن P53 استفاده شد، یک زوج آن در نمونه های مورد مطالعه بهتر از دیگری بود. نتیجه گیری:نوع پرایمر و غلظت منیزیوم در واکنش زنجیره ای پلی مراز برای Amplify کردن ژن مهم می باشند.

سابقه و هدف: با اینکه تشخیص میکروسکوپی قادر نیست تک یاخته های مشابه نظیر انتاموبا هیستولیتیکا انتاموبا دیسپار را از یکدیگر متمایز نماید، ولی هنوز تشخیص آمیبیازیس، مبتنی بر روش های میکروسکوپی است. لذا نیاز مبرمی برای ابداع و راه اندازی یک تکنیک ساده، ارزان و قابل اجرا در آزمایشگاه های تشخیص طبی به منظور شناسایی و افتراق این دو گونه وجود دارد.روش بررسی: به منظور تعیین گونه ایزوله آمیب موجود در نمونه های مشکوک، اقدام به بررسی ملکولی به روش واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) گردید. برای افتراق همزمان این دو گونه، از یک جفت پرایمر pEd21.30 مربوط به ژن Peroxiredoxin استفاده شد. با انجام PCR بر روی DNA استخراج شده موارد مثبت انتاموبا هیستولیتیکا با این پرایمر باند زیر 100 جفت باز را نشاند داده و موارد مثبت انتاموبا دیسپار قطعه ای بالای 100 جفت باز را تکثیر نمود.یافته ها: در این مطالعه از 22 نمونه مثبت از نظر میکروسکوپی، در یک بیمار انتاموبا هیستولیتیکا مشاهده شد و بقیه نمونه ها (21 نمونه) همگی از نظر انتامبا دیسپار مثبت بودند.نتیجه گیری: به نظر می رسد که با یک جفت پرایمر در تکنیک PCR می توان انتاموبا هیستولیتیکا و انتامبا دیسپار را تکثیر نمود که این روشی آسان تر و مقرون به صرفه جهت تشخیص و تمایز این دو گونه می باشد.

زمینه و هدف: باکتری استرپتوکوکوس نیومونیا عامل مننژیت باکتریایی و یک عامل مهم مرگ و میر در کودکان و افراد سالخورده است. کنترل این بیماری نیز وابسته به تشخیص سریع باکتری می باشد. روش های تشخیص این باکتری شامل رنگ آمیزی گرم، کشت و تست های سرولوژیکی است. این روش ها وقت گیر و در اثر مصرف آنتی بیوتیک منجر به نتایج منفی کاذب می شوند. در حال حاضر، روش های مولکولی مانند PCR به صورت روزانه برای تشخیص عوامل عفونی استفاده می شوند. این مطالعه با هدف طراحی یک واکنش بهبودیافته PCR جهت تشخیص باکتری استرپتوکوکوس نیومونیا صورت گرفت.روش بررسی: پرایمرهای تشخیصی اختصاصی بر اساس ژن ply باکتری طراحی گردید. پس از تکثیر ژن هدف در DNA ژنومی باکتری، محصول PCR در پلاسمید pTZ57R/T کلون شد و پلاسمید تاییدشده pTZ-ply به عنوان کنترل مثبت در آزمایشهای بعدی مورد استفاده قرار گرفت. جهت تعیین حساسیت واکنش، رقت های متوالی 10 تایی از پلاسمید pTZ-ply تهیه و بر روی آنها واکنش PCR انجام گرفت. برای تعیین ویژگی واکنش از ژنوم تعدادی باکتری مرتبط یا غیرمرتبط در واکنش PCR استفاده شد.یافته ها: نتایج PCR مطابق انتظار، قطعه 727 جفت باز را نشان داد. هیچ گونه تکثیری در PCR بر روی ژنوم باکتری های کنترل منفی دیده نشد. این نتایج نشان دهنده ویژگی بالای واکنش PCR بود. پایین ترین حد تشخیص این آزمون در تشخیص ژن ply، 250 کپی از ژن در یک واکنش 25 میکرولیتری بود.نتیجه گیری: حساسیت، ویژگی و سرعت بالای آزمون طراحی شده، آن را به عنوان یک تست مناسب برای استفاده در آزمایشگاه های کلینیکی مطرح می کند. همچنین ارزیابی بیشتر این آزمون با استفاده از نمونه های کلینیکی یا مواد آلوده شده مصنوعی، کاربرد این روش را در مجموعه ای کلینیکی تایید خواهد کرد.

زمینه و هدف: بیماری پریودنتال باعث بیماری التهابی در دهان و دندان می شود که ممکن به صورت حاد یا مزمن به بخش های بافت های نرم و سخت دندان آسیب برساند. هدف از این مطالعه طراحی تکنیک PCR برای تشخیص این عوامل است. مواد و روش ها: طراحی پرایمرهای اختصاصی برای هر یک از این عوامل باکتریایی Aggregatibacter actinomycetemcomitans، Porphyromonas gingivalis، Prevotella intermedia، Tannerella forsythensis و Treponema denticola انجام گردید. سپس برای هر باکتری پس از کلون کردن تست های حساسیت و اختصاصیت گذاشته شد. نتایج: بر اساس پرایمرهای اختصاصی برای باکتری های ژن hbpA Aggregatibacter actinomycetemcomitans، ژن fimA Porphyromonas gingivalis، ژن 16s rRNA باکتری Prevotella intermedia 16s rRNA Tannerella forsythensis و ژن 16s rRNA Treponema denticola به ترتیب باندهای 161bp، 162bp، 283 bp، 250 bp و 173 bp بر روی ژل دیده شد و پس از کلونینیگ، تست های حساسیت و اختصاصیت انجام گرفت. نتیجه گیری: جهت بررسی و تشخیص بیماری های پریودنتال با استفاده از تکنیک PCR، می توان با اختصاصیت و حساسیت بالا این عوامل را شناسایی کرد.

گوسفند به عنوان یکی از مناسب ترین میزبان های هیداتیدوزیس در ایران است و ایران به عنوان یکی از نواحی هیپراندمیک در دنیا مطرح می باشد. در این تحقیق، ارزیابی واکنش پادگنی در مجاورت با آنتی سرم تهیه شده از گوسفند در مقایسه با یافته های کشتارگاهی و مولکولی انجام شد. در مطالعه حاضر برای تهیه پادگن محلول از مایع کیست هیداتید استفاده گردید. خون مورد نیاز برای تهیه سرم از 100 راس گوسفند در حین کشتار تهیه شد. یافته های کشتارگاهی در گوسفندان خونگیری شده آلوده به کیست هیداتید ثبت گردید. سپس آزمون کانترایمنو الکتروفورزیس در حضور سرم های شاهد منفی و مثبت انجام شد. استخراج DNA از پرتواسکولکس انجام شد و قطعه 1213bp از ژن co1 تکثیر گردید. در مشاهدات کشتارگاهی، 33 درصد گوسفندان آلوده به کیست هیداتید در کبد و ریه بودند. در صورتی که موارد مثبت آلودگی در روش کانترایمنوالکتروفورزیس 29 درصد و در روش مولکولی 28 درصد بود. در مقایسه با یافته های کشتارگاهی، حساسیت و ویژگی آزمون کانترایمنوالکتروفورزیس به ترتیب 31.79 درصد و 2.92 درصد بود. ارزش تشخیصی روش مولکولی با حساسیت 19.85 درصد و ویژگی 94.8 درصد بود. مقایسه یافته های آزمون سرمی به روش کانترایمنوالکتروفورزیس با روش تشخیص مولکولی نشان داد که حساسیت و ویژگی آزمون کانترایمنوالکتروفورزیس کمتر بود ولی اختلاف آماری، معنی داری نداشت (P<0.05). باتوجه به نتایج بدست آمده در این مطالعه، آزمون کانترایمنوالکتروفورزیس می تواند روش غربالگری مناسبی برای هیداتیدوزیس گوسفندان باشد.

سابقه و هدف انتروکوکوس فکالیس به عنوان یک پاتوژن مهم در عفونت های بیمارستانی مطرح می باشد. شناسایی سریع انتروکوکوس فکالیس در عفونت های خطرناک به خصوص در افراد با نقص ایمنی مسئله مهمی به شمار می رود. هدف از انجام این مطالعه بررسی کارایی ژن ef0737 در شناسایی ایزوله های انتروکوکوس فکالیس و گونه های مشابه شامل انتروکوکوس فیسیوم و استافیلوکوکوس اورئوس می باشد. مواد و روش ها در این مطالعه مقطعی 150 ایزوله بالینی شامل 50 ایزوله انتروکوکوس فکالیس، 50 ایزوله انتروکوکوس فیسیوم و 50 ایزوله استافیلوکوکوس اورئوس از منابع مختلف عفونت جمع آوری شد. طراحی پرایمر با استفاده از توالی ژن ef0737 انجام شد و همه ایزوله ها از نظر حضور ژنef0737 با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) مورد بررسی قرار گرفتند. حساسیت PCR بر اساس ایزوله های بالینی انتروکوکوس فکالیس و اختصاصیت پرایمرها بر اساس ایزوله های غیر انتروکوکوس فکالیس شامل 50 ایزوله انتروکوکوس فیسیوم و 50 ایزوله استافیلوکوکوس اورئوس بررسی شد. یافته ها در این مطالعه از مجموع 150 ایزوله بالینی (50 ایزوله انتروکوکوس فکالیس، 50 ایزوله انتروکوکوس فیسیوم و 50 ایزوله استافیلوکوکوس اورئوس) همه ایزوله های انتروکوکوس فکالیس از نظر حضور ژن ef0737 مثبت و حساسیت تست 100% محاسبه شد. همچنین ایزوله های انتروکوکوس فیسیوم و استافیلوکوکوس اورئوس همگی از نظر حضور ژن ef0737 منفی شدند که نشانگر اختصاصیت پرایمرها بود. نتیجه گیری PCR بر اساس نتایج این مطالعه یک روش حساس و کاربردی در شناسایی سریع انتروکوکوس فکالیس به خصوص در بیماران با شرایط بحرانی می باشد. شناسایی ژن حفاظت شده ef0737 در نمونه های بالینی احتمالا منجر به تشخیص سریع عفونت ناشی از انتروکوکوس فکالیس می شود.

اهداف: در سال های اخیر با توجه به مزایای تراریختی کلروپلاستی، سطح زیر کشت این گیاهان و محصولات ناشی از آنها افزایش یافته و به دلیل نگرانی های احتمالی ایمنی زیستی آنها شناسایی و برچسب گذاری آنها بیشتر مورد توجه قرار گرفته است. هدف پژوهش حاضر طراحی و ارایه یک روش بهینه بر پایه واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) و نانوحسگر زیستی برای شناسایی گیاهان ترانس پلاستوم و مقایسه حساسیت آنها بود. مواد و روش ها: در مطالعه تجربی حاضر برای طراحی آغازگرها و کاوشگرهای اختصاصی، نشانگر aadA کلروپلاستی به کار رفت. در روشPCR بعد از بهینه سازی شرایط تکثیر ژن aadA، حساسیت آن با درصدهای مختلف DNA گیاه ترانس پلاستوم توتون مورد بررسی قرار گرفت. در روش نانوحسگر زیستی ابتدا کاوشگر نشان دار ژن aadA در صفحات گرافن اکسید تثبیت، سپس واکنش هیبریداسیون برای شناسایی توالی هدف بهینه سازی و حساسیت آن با درصدهای مختلف DNA گیاه ترانس پلاستوم تعیین شد. یافته ها: تکثیر باند 800جفت بازی ژن aadA در گیاهان ترانس پلاستوم توتون مشاهده شد. واکنش PCR توانست تا 5% DNA توتون ترانس پلاستوم، ژن aadA را تکثیر نماید. با تثبیت کاوشگر aadA در سطح گرافن اکسید فلورسانس نشری خاموش و با اضافه کردن DNAگیاه ترانس پلاستوم توتون دوباره نشر فلورسانس ظاهر شد. در بررسی حساسیت این روش تا 1% DNA گیاه ترانس پلاستوم نشر فلورسانس به طور معنی دار بیشتر از گیاه شاهد مشاهده شد. نتیجه گیری: روش PCR می تواند گیاه ترانس پلاستوم توتون را با حساسیت 5% DNA و روش حسگر زیستی با حساسیت 1% DNAشناسایی نماید. بنابراین روش حسگرزیستی نه تنها یک روش تشخیصی مطمئن در کنار روش PCR برای شناسایی گیاهان ترانس پلاستوم است، بلکه حساسیت بالاتری نیز دارد.